Andrea Lieberknecht war 13 Jahre lang Soloflötistin, zunächst im Rundfunkorchester des Bayerischen Rundfunks, dann im Sinfonieorchester des Westdeutschen Rundfunks. Sie unterrichtete nebenbei an den Musikhochschulen Köln und Hannover, bevor sie 2002 als ordentliche Professorin an die Hochschule für Musik und Theater in Hannover berufen wurde. 2011 wechselte sie an die Hochschule für Musik und Theater in München.
Während Ihres Studiums bei Paul Meisen an der Musikhochschule in München gewann sie die internationalen Flötenwettbewerbe „Prager Frühling“ (1991) und Kobe/Japan (1993). Als Mitglied des Arcis Quintetts und im Duo mit ihrem Klavierpartner Jan Philip Schulze erhielt sie Preise beim ARD-Wettbewerb, dem Deutschen Musikwettbewerb, sowie bei den internationalen Kammermusikwettbewerben Colmar, Tokio, Belgrad und Trapani.
Seitdem führt sie ein reiches Konzertleben mit Recitals, Solokonzerten und Kammermusik. Sie war zu Gast bei bedeutenden deutschen Musikfestivals wie den Ansbacher Bachwochen, dem Rheingaufestival, Schleswig-Holstein-Festival und Würzburger Mozartfest und spielt bei den Kammermusikfestivals der Pianisten Lars Vogt („Spannungen: Musik im Kraftwerk Heimbach“) und Leif Uve Andsnes in Risør/Norwegen. Drei Jahre lang war sie Soloflötistin der Bayreuther Festspiele. In Deutschland führte sie Flötenkonzerte auf mit dem Rundfunksinfonieorchester Saarbrücken, dem Kölner Rundfunksinfonieorchester, den Münchner Symphonikern, der Staatsphilharmonie Rheinland-Pfalz, den philharmonischen Orchestern Augsburg, Kiel, Bochum, Oldenburg, Hagen, Osnabrück, Bremerhaven und zahlreichen Kammerorchestern. Uraufführungen der Doppelkonzerte von Bernd Franke (mit Oboe/Christian Wetzel) und Olav Berg (mit Fagott/Dag Jensen) fanden 2004 mit dem philharmonischen Orchester Darmstadt und 2008 mit der NDR Radiophilharmonie statt. Vom Ensemble Sabine Meyer wurde sie für Konzerte in Deutschland, beim Luzern Festival, der Schubertiade Schwarzenberg, den niedersächsischen Musiktagen und dem International Georges Enescu Festival in Bukarest eingeladen.
Ihre Orchestertätigkeit als Soloflötistin setzte sie nach Verlassen ihrer Festanstellung am WDR fort in der KlangVerwaltung München, sowie in Aushilfstätigkeit bei den Berliner Philharmonikern, dem Sinfonieorchester des BR, der Bayerischen Staatsoper, dem Chamber Orchestra of Europe und den Osloer Philharmonikern.
Sie gibt Meisterkurse in Europa, Asien und Australien und ist Dozentin der „Villa Musica“. 2009 bis 2010 hatte sie eine Gastprofessur an der Norwegischen Musikhochschule Oslo inne. Sie machte Aufnahmen bei nahezu allen Rundfunkanstalten Deutschlands. Zahlreiche CD-Aufnahmen mit Solo- und Kammermusik und eine internationale Jurytätigkeit runden das Bild ihrer musikalischen Aktivitäten ab.